En 1789, afin de renflouer les caisses de l'état, l'Assemblée constituante nationalise les biens du clergé. Des abbayes et des couvents sont ainsi transformés en prisons. Au milieu du 19e siècle, la moitié des maisons centrales françaises est dans des ensembles religieux de l'Ancien Régime. En voici quelques exemples :  

  - L’Abbaye de Clairvaux, fondée en 1115 par Bernard de Clairvaux, devenue maison centrale en 1808, et qui l’est encore.

  - L’Abbaye bénédictine Notre-Dame de Fontevraud, siège de l'ordre de Fontevraud, fondée en 1101. A la Révolution elle se transforme en établissement pénitentiaire, jusqu'en 1963.

 - L’abbaye bénédictine du Mont-Saint-Michel date du 10e siècle. Lorsque les derniers bénédictins la quittent en 1791, elle devient une prison où sont incarcérés plus de 300 prêtres réfractaires. Suite à mauvais traitements, il y a plusieurs émeutes. Elle est transformée en 1810 en centrale pénitentiaire, prenant en charge les détenus condamnés à de longues peines. Jusqu'à 700 prisonniers y travaillent. La prison est fermée en 1863.

 - Les carmes installent un couvent, dit "le couvent des carmes", en 1611, à Paris. A la révolution, la communauté religieuse doit quitter le couvent qui est alors pillé. Le bâtiment est immédiatement transformé en prison, sujette à des massacres en 1792. Joséphine de Beauharnais et Thérésa Tallien y furent emprisonnées. De nombreux autres couvents parisiens deviennent des prisons : celui des Picpus, celui des Bénédictins anglais, celui des sœurs de Bethléem…   

Et pourtant les transformations des abbayes en prisons ne sont pas simples. A chaque fois des travaux importants et coûteux sont nécessaires pour aménager et sécuriser les bâtiments.   

Fin 2022, la maison centrale de Clairvaux devrait fermer définitivement.